Saarenmaa palvelee kaksi kertaa vuodessa välipysäkkinä muuttolintujen pitkällä matkalla. Keväisin ja syksyisin rannikolla ja merellä säpisee värikäs lintuseurapiiri. Pesintäaikaan lintuja on eniten Saarenmaan etelä- ja länsirannan matalissa lahdissa. Kuressaaren lähiympäristöön ja muualle Saarenmaalle on rakennettu lintutorneja pesiviä lintuja häiritsemätöntä tarkkailua varten.
Saarenmaan länsirannikolla sijaitsee Baltian vanhin luonnonsuojelualue,Vilsandin kansallispuisto. Alue suojeltiin nimenomaan lintujen takia. Vilsandin lisäksi muuttolinnut levähtävät mielellään Sõrvenniemen päässä. Sõrven kynnäs on ainoa paikka Virossa, jossa suoritetaan säännöllistä laskentaa. Syksyisin siellä on havaittu yli 1,5 miljoonaa muuttolintua.
Parhaimmat paikat talvehtivien vesilintujen bongaukseen löytyvät Luoteis-Saarenmaalta ja Sõrven rannoilta. Allihaahka on vain yksi talvisista harvinaisuuksista.
